ผู้เชี่ยวชาญที่สนับสนุนการขลิบอ้างผลประโยชน์ทางการแพทย์ของการขลิบ คือ ช่วยลดความเสี่ยงของการเกิดมะเร็งที่อวัยวะเพศ การติดเชื้อทางท่อปัสสาวะ และช่วยป้องกันการติดเชื้อเอดส์และซิฟิลิส เด็กที่ไม่ได้รับการขลิบมีโอกาสที่จะมีการติดเชื้อทางท่อปัสสาวะมากกว่าเด็กทีได้รับการขลิบ 3-10 เท่าในช่วงขวบปีแรก ในแอฟริกาความเสี่ยงของการติดเชื้อเอดส์ของผู้ชายที่ไมได้รับการขลิบมีมากกว่าผู้ชายที่ได้รับการขลิบ 2 เท่า

ด้านที่ต่อต้านการขลิบโต้แย้งว่า มะเร็งที่อวัยวะเพศเป็นโรคที่มีโอกาสเป็นต่ำ พบผู้ป่วยประมาณไม่ถึง 9 คนในหนึ่งล้านคน และโอกาสการติดเชื้อทางท่อปัสสาวะในเด็กทารกที่ไมได้รับการขลิบก็มีเพียงแค่ 1 ในร้อยเท่านั้น ในยุโรปที่มีอัตราการขลิบน้อยกว่าอเมริกากลับมีการติดเชื้อ HIV น้อยกว่าในอเมริกา นอกจากนั้น แม้ว่าการขลิบจะช่วยป้องกันการติดเชื้อ HIV และซิฟิลิส แต่ในขณะเดียวกันก็เพิ่มความเสี่ยงในการเกิดโรคหนองใน และกามโรคนอกจากนั้นการทำขลิบอาจทำให้เกิดการติดเชื้อ และการขลิบในผู้ใหญ่อาจทำให้ความรู้สึกทางเพศลดลง